大手ハウスメーカーと比べ、工務店の住宅保証はどうなのですか？

大手ハウスメーカーと保証は同じです。

住宅には10年間の保証が法律で義務化されております。
なので、大手ハウスメーカーでも、工務店でも、保証は同じです。